بر اساس ماموریت، چشم انداز، ارزش ها و وظایف سازمان و با تحلیل روند چالش های فعلی و آتی بخش کشاورزی  و تجربیات بین المللی و داخلی  در پاسخگویی به آنها و منطبق با اسناد بالادستی کشور  برنامه راهبردی دانش بینان کشاورزی و منابع طبیعی با رویکرد جامع نگری و انسجام پژوهش، آموزش و ترویج به منظور پاسخگویی اثربخش به مسائل پیچیده و چند بعدی، پنج زیر برنامه شامل «امنیت غذایی(محصولات کشاورزی)؛ منابع طبیعی-خاک‌وآب؛ تنوع‌زیستی و منابع ژنتیکی؛ تغییر اقلیم و مديريتی، اقتصادي، اجتماعي و ترویجی» تدوین گردیده و در شورای تحقیقات مورخ 1399/12/26 به تصویب رسید.

 ارتباط برنامه های پنجگانه که در چارچوب مفهومی به تصویر کشیده شده به این معنی است که دستیابی به امنیت غذا به معنی اطمینان از دسترسي فيزيكي و اقتصادي همه‌ی مردم به غذای کافی، مغذی و سالم در همه اوقات براي داشتن يك زندگي سالم و فعال و بر اساس ترجيحات غذايي است؛ اما این هدف درگرو حفظ منابع پایه و زیستی؛ اعم از منابع طبیعی، خاک‌وآب به‌عنوان ظرف تولید است. حفظ تنوع‌زیستی و ذخایر ژنتیکی، تولید در کشور را ضمانت نموده و تغییر اقلیم این مجموعه را تحت تأثیر قرار می‌دهد که از هم‌اکنون بایستی برای آن چاره‌اندیشی نمود؛ اما کلیة امور فوق درگرو طراحی نظام‌های بهره‌برداری، مدیریتی، اقتصادی و اجتماعی است که قادر باشد مشارکت کلیه ذی‌نفعان را جلب نموده، آنان را از ابتدای طراحی برنامه‌ها در ابعاد ملی، منطقه‌ای و محلی تا اجرا و بهره‌برداری دخیل نموده و فرصت‌های اقتصادی و اجتماعی برابر را برایشان فراهم و پذیرش اجتماعی را با لحاظ خصوصیات جوامع بومی تسهیل نماید. ذیل هرکدام از برنامه ها طرح های کلان قرار گرفته و در عین مستقل بودن تا اندازه‌ای همپوشانی داشته و در ارتباط با یکدیگر می‌باشند. براساس این الگو، واحدهای ملی و استانی سازمان در یک ارتباط سلسله مراتبی- شبکه ای و همبستی  نقش خود را در برنامه ایفا می نمایند