· کاربرد نانوذرات آهن در استخراج آفلاتوکسین از پسته

· تولید نانوجاذب مغناطیسی زئولیت در جذب و حذف آفلاتوکسین ها

· تولید میکروکپسول Talaromyces flavus برای مدیریت بیماری پژمردگی ورتیسلیومی پنبه و پژمردگی فوزاریومی گوجه فرنگی

· دستورالعمل مدیریت آفلاتوکسین و قارچهای مولد آن دربادام

· دستورالعمل استفاده از گاز اوزون برای کاهش آلودگی پسته به آفلاتوکسین و قارچ های مولد آن

· دستورالعمل مدیریت اکراتوکسین Aو قارچهای مولد آن در کشمش

· دستورالعمل مدیریت آفلاتوکسین و قارچهای مولد آن در فندق

· کنترل بیولوژیک بیماری پژمردگی فوزاریومی خیار‌ و گوجه فرنگی گلخانه‌ای با استفاده از قارچ‌های آنتاگونیست

· معرفی برترین علف‌کش‌های رایج مزارع چغندرقند از لحاظ کارآیی در کاهش بیماری مرگ گیاهچه‌ی چغندرقند کنترل بیولوژیک بیماری پژمردگی ورتیسلیومی سیب‌زمینی با استفاده از تیمارهای بذری متأثر از قارچ آنتاگونیست Talaromyces flavus

· دستور العمل تلفیقی پیش‌گیری از بروز بیماری شانکر ریزوکتونیایی سیب زمینی و کنترل آن

· دستورالعمل تعیین حداکثر میزان مجاز آلودگی غده‌های سیب زمینی به بیماری شوره سیاه در طبقات بذری

· دستورالعمل استاندارد بذور سبزی و صیفی

· دستورالعمل استانداردهای بیماری‌های قارچی بذر سیب زمینی

· دستور العمل پیش‌گیری از بروز بیماری شانکر ریزوکتونیایی سیب زمینی

· روش‌های پیشگیری و کنترل پوسیدگی غده‌ی سیب زمینی در انبار

· دستورالعمل کاهش آفلاتوکسین ها در ذرت

· کاربرد نانوذرات جاذب درتصفیه و استخراج داکسی‌نیوالنول از گندم آلوده

· کتاب مایکوتوکسینهای مهم در ایران و روشهای کنترل آنها

· آزمایش و معرفی سموم جدید جهت کنترل زنگ زرد، فوزاریوم خوشه و سیاهک پنهان گندم

· شناسایی و معرفی منابع مقاومت به سفیدک پودری گندم

· شناسایی و معرفی منابع مقاومت به پوسیدگی طوقه و ریشه گندم

· شناسایی و تعیین دامنه میزبانی سپتوریوز برگ گندم در ایران

· ارائه دستورالعملهای مدیریت بیماری زنگ زرد گندم، لکه خرمایی، سفیدک پودری گندم و سپتوریوز برگ گندم

· تالیف قسمت بیماریهای گندم در کتاب: راهنمای گندم (کاشت، داشت، برداشت)

· تعیین سموم مؤثر برای کنترل سیاهک آشکار جو

· تعیین منابع مقاومت به بیماریهای سفیدک پودری جو، زنگ قهوهای جو ، سیاهک سخت جو

· تعیین مخلوط مؤثر قارچ‌کش‌های رورال TS و کاربوکسین تیرام در کنترل توام سیاهک آشکار و لکه نواری جو

· دستور العمل استفاده از پس‌ماند بستر کشت قارچ خوراکی (SMC) برای کاهش بوته میری خیار و افزایش محصول

· تشخیص سریع Monosporascus cannonballus عامل پوسیدگی ریشه و زوال بوته طالبی و خربزه با استفاده از ابزار ملکولی ( دستاورد نمونه کشوری در سال 1391 )

· کنترل بیماری پژمردگی فوزاریومی خیار گلخانه ای با استفاده از ماده بیولوژیک تریانوم-پی

· اولین گزارش از مرحله تلیومی گونه Gymnosporangium confusum روی Juniperus foetidissima از ایران

· معرفی Cytospora leucostoma و C. cincta از روی بادام

· تعیین گروههای سازگار رویشی قارچ Fusarium verticilioides و نیز فنوتیپ های مولکولی قارچ

· تعیین پراکنش بیماری سیاهک معمولی ذرت در کشور و تعیین درصد وقوع و شدت بیماری در هر یک از مناطق تحت بررسی و نیز تعیین هاپلوتیپ های عامل بیماری با کمک مارکرهای مولکولی

· تدوین برنامه جامع مدیریت عوامل بیماریزای ذرت و گیاهان علوفه ای

· تعیین هاپلوتیپ ها و گروههای بیماریزایی عامل مولد ساق سیاه کلزا

· تعیین نژاد، ساختار ژنتیکی جمعیت و وضعیت تولید مثلی قارچ مواد بیماری لکه خرمایی در کشور

بخش تحقیقات بیماری‌های گیاهان یکی از اولین بخش‌های مؤسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور است که از سال 1324 هجری شمسی، یعنی سال تأسیس مؤسسه، فعالیت خود را آغاز کرده است. بنیان‌گذاران این بخش آقایان دکتر قوام‌الدین شریف، دکتر اسفندیار اسفندیاری و مهندس عین‌الله بهبودی بوده‌اند. در ابتدا این بخش وظیفه تحقیق روی کلیه عوامل بیماری‌زای گیاهی، ازجمله بیماری‌های قارچی، باکتریایی، ویروسی، نماتدی، و حتی علف‌های هرز را بر عهده داشت. بعدها و با گسترش مؤسسه، بخش‌های ویروس‌شناسی، نماتدشناسی، و علف‌های هرز مستقل شدند و بخش تحقیقات بیماری‌های گیاهان وظیفه انجام تحقیقات روی بیماری‌های قارچی و باکتریایی گیاهان را به‌عهده گرفت که تا زمان حاضر نیز ادامه دارد. این بخش در حال حاضر با 18 نفر عضو هیئت علمی، 2 نفر محقق غیر هیئت علمی، 4 نفر کارشناس و تکنیسین فنی و دو نفر نیروی پیشتیبانی مسئولیت تحقیقات در زمینه بیماریهای قارچی و پروکاریوتی کشور را بعهده دارد . .