تاریخچه

به منظور شناخت و استفاده از استعدادهای گسترده شیلاتی در جنوب کشوردر زمینه شیلات و آبزی پروری پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور زیر مجموعه موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور در سال 1367 در اهواز با چهار بخش آبزی پروری، اکولوژی، بهداشت و بیماری های آبزیان و مدیریت ذخایر تأسیس گردید. در راستای سیاست های تحقیقاتی شیلات دامنه فعالیت های پژوهشکده به آب های ساحلی استان در خلیج فارس گسترش یافت. در سال 1372 ایستگاه تحقیقاتی ماهیان دریایی بندر امام (ره) به این پژوهشکده پیوست. شورای گسترش آموزش عالی در جلسه 20/12/1396 با تبدیل موافقت اصولی به قطعی پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور، با چهار گروه پژوهشی اصلاح نژاد و تکثیر و پرورش آبزیان، بهداشت و بیماری های آبزیان، زیست بوم شناسی و ارزیابی و بازسازی ذخایر آبزیان موافقت نمود. 
در حال حاضر پژوهشکده در زمینی به مساحت 22 هکتار شامل: آزمایشگاه های مجهز دارای گواهینامه تأیید صلاحیت آزمایشگاه (ISIRI-ISO/IEC 17025)  از مرکز ملی تأیید صلاحیت ایران، کتابخانه، سالن تکثیر و استخرهای تحقیقاتی ماهیان آب شیرین واقع شده است. همچنین پژوهشکده دارای یک فروند شناور تحقیقاتی با نام کاوش با طول 5/15 و عرض 5/5 متر و ظرفیت خالص 11 تن می باشد. در حال حاضر 50 نفر به عنوان عضو هیات علمی، محقق، کارشناس آزمایشگاه و کمک کارشناس و نیروهای پشتیبانی در گروه های پژوهشی مشغول به فعالیت هستند و بیش از 300 طرح و پروژه تحقیقاتی، 100 پایان نامه دانشجویی، یک پروژه بین المللی با کشور کویت را اجرا نموده اند. 

بخش ها و واحد های پژوهشکده
پژوهشکده آبزی پروری جنوب کشور در حال حاضر علاوه بر واحدهای پشتیبان دارای چهار گروه پژوهشی تخصصی
· آبزی پروری Aquaculture Dept.
·  بوم شناسی Ecology Dept.
· بهداشت و بیماریهای آبزیان Fish Diseases Dept.
. مدیریت ذخایر Stock Management Dept.
و ایستگاه تحقیقاتی ماهیان دریایی در بندر امام (ره)  Marin Fish Stationمی باشد.
بعلاوه، پژوهشکده دارای یک واحد پشتیبان به نام دفتر اطلاعات علمی بوده که خدمات اینترنتی، کامپیوتری، کتابخانه ای و انتشاراتی مورد نیاز را تحت پوشش قرار می دهد. این امکانات نیازهای علمی محققان را از نظر کتابهای مرجع، مقاله و دیگر منابع مورد نیاز فراهم ساخته و ارتباط آنها را با سایر مراکز علمی کشور و منطقه تسهیل می کند. خدمات کتابخانه ای و انتشاراتی پژوهشکده به دانشجویان دانشگاهها و دیگر محققان این رشته در خارج از پژوهشکده نیز ارایه می شوند.
همکاری‌های بین المللی
در راستای توسعه ارتباطات علمی با سایر مراکز علمی بویژه موسسات علمی پژوهشی سایر کشورهای دارای ذخایر مشترک آبزیان این پژوهشکده ارتباط علمی مناسبی را با دپارتمان شیلات و آبزی پروری کشور کویت آغاز نموده و این همکاری در قالب تبادل نظر، همکاری و هماهنگی در نحوه اعمال ممنوعیت موثرتر صید آبزیان جهت مدیریت بهینه ذخایر مشترک ماهی در آبهای شمالی خلیج فارس و اجرای پروژه تحقیقاتی مشترک برروی ارزیابی ذخایر ماهی حلواسفید در شمال خلیج فارس ادامه دارد.
همچنین کارشناسان پژوهشکده همواره در مجامع علمی شیلاتی بین المللی با ارسال و ارایه مقالات مشارکت و حضور فعال داشته اند.
همکاری با دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی
پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور در راستای حمایت از توسعه علوم شیلاتی، همکاری وسیعی را با دانشگاهها و موسسات آموزش عالی کشور داشته است. عمده این همکاری در قالب مساعدت در اجرای پایان نامه های دانشجویی در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری بوده است. در این رابطه میتوان به دانشگاه علوم  و فنون دریایی خرمشهر، دانشگاه شهید چمران اهواز، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، دانشگاه تربیت مدرس، دانشگاه آزاد اسلامی اهواز، دانشگاه آزاد اسلامی تهران و مرکز آموزش جهاد استان خوزستان اشاره نمود.