پژوهشگاه بیوتکنولوژی کشاورزی 

- اصلاح مولکولی گونه‌های گیاهی و جانوری 
- ارتقاء فناورانه سلامت و بهره‌وری محصولات و فرآورده‌های کشاورزی 
- فناوری های نوظهور

پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیز داری کشور

- آب در مقیاس حوضه 
- خشکسالی و تغییر اقلیم 
- مدیریت فرسایش خاک 
- مدیریت یکپارچه حوزه آبخیز
- مهندسی آبخیزداری و حفاظت سواحل 

 دفتر امور اقتصادی (سازمان تات) 

- تدوین و به‌هنگام‌سازی الگوی کشت ملی
- بررسی مدیریت اقتصادی در تولید محصولات و اثر بخشی تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی و منابع طبیعی
- بررسی و تحلیل زنجیره ارزش و نظام بازار محصولات کشاورزی   
- تدوين استراتژی ها و راهکارهای بهبود وضعيت زندگی، ايجاد معيشت پايدار و حفاظت از عرصه‌های زيستی عشاير کشور
- تحلیل و ارزیابی شاخص های بهره وری در بخش کشاورزی و منابع طبیعی                                      

مرکز ملی تحقیقات شوری

- تنوع بخشی محصولات شورزیست
- مدیریت به زراعی در شرایط شور
- استفاده از فناوری های نوین و دانش بومی در مدیریت شوری و بهره برداری پایدار و اقتصادی از منابع آب و خاک شور

مرکز تحقیقات ابریشم کشور 

- توسعه نوغانداری کشور از طریق افزایش خوداتکایی با تولید تخم نوغان داخلی 
- اقتصادی کردن نوغانداری دانش بنیان از طریق افزایش شاخص های سودمندی  با رویکرد زنجیره ارزش و ارتقاء همکاری های مشترک با موسسات علمی  داخلی و  بین المللی  
- حفظ، نگهداری و توسعه ذخایر ژنتیکی حوزه نوغانداری کشور
- ارتقاء نظام علمی- فناوری حوزه نوغانداری و رشد بهره وری با آموزش و ترویج یافته‌های پژوهشی 
- ارتقاء کمی و کیفی سنجه های عملکردی  هسته های فناور نوغان 

موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه بذر چغندر قند  

- به‌نژادی چغندرقند
- به‌زراعی چغندرقند
- افزایش کمیت و کیفیت بذر چغندرقند
- سایر گیاهان قندی

موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه نهال و بذر

- مدیریت و بهره برداری منابع ژنتیکی 
- معرفی ارقام گیاهان زراعی
- نظام‌های زراعی 
- آینده پژوهی(تغییر اقلیم، مدلسازی و...)

 موسسه تحقیقات برنج کشور    

- برنامه به نژادی برنج جهت اصلاح و معرفی ارقام جدید
- برنامه‌ی ارتقای بهره‌وری مصرف آب در شالیزار     
- برنامه مدیریت به‌زراعی برنج
- کاهش ضایعات و استفاده بهینه از زائدات
- برنامه پایش سلامت و کیفیت برنج   
- تعیین اثرات تغییرات اقلیم بر کشت برنج   
 

موسسه تحقیقات پنبه کشور 

- به‌نژادی پنبه و گیاهان لیفی
- به زراعی و نظام‌های زراعی پنبه 
- مدیریت عوامل خسارتزای زنده و غیرزنده در پنبه
- توسعه فناوری‌های بذر و تولید هسته‌های اولیه بذر

موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال 

- پژوهش های بذر و نهال
- ثبت و تجاری سازی ارقام جدید
- تولید استانداردهای ملی بذر و نهال 
- توسعه نظارت بر تولید بذر
- توسعه نظارت بر تولید نهال

موسسه تحقیقات خاک و آب کشور 

- برنامه شناخت منابع خاک و استعداد اراضی
- برنامه پایش کمی و کیفی خاک و آب کشاورزی
- برنامه مدیریت تقاضا محور آب در مزرعه و ارتقاء بهره وری آب در کشاورزی
- برنامه شناخت و مدیریت خاک و آب در شرایط شور
- برنامه شناخت و مدیریت حاصلخیزی خاک و تغذیه گیاه 
- برنامه شناخت و مدیریت کربن آلی خاک 
- برنامه شناخت و مدیریت آلودگی خاک و آب و گیاه در کشاورزی 
- برنامه شناخت و مدیریت اثرات متقابل تغییر اقلیم، خاک و آب و تولید محصولات کشاورزی

موسسه تحقیقات علوم باغبانی کشور

- برنامه جامع تولید رقم و معرفی ارقام، پایه ها و هسته های اولیه در محصولات باغبانی
- برنامه جامع مدیریت ذخایر ژنتیکی محصولات باغبانی
- برنامه ارتقای کمی و کیفی محصولات باغبانی و کاهش ضایعات 
- ارتقای بهره وری و تولید محصولات باغبانی در محیط های کنترل شده
- مطالعات مزیت نسبی تولید محصولات باغبانی
- پایداری تولید با مدیریت تنش های زنده و غیر زنده

 موسسه تحقیقات علوم دامی کشور 

- توسعه و بهبود بهره‌وری در استفاده از منابع در تامین خوراک دام و طیور
- ارتقای کمی و کیفی گوشت قرمز
- طرح کلان ارتقاء کمی و کيفی مرغ و تخم مرغ
- بهبود صفات اقتصادی مرغ لاین آرین
- تکنولوژی های فرآوری محصولات و خوراک
- برنامه جامع زنبورعسل

موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور 

- ارتقاء روش های مدیریت آبزی پروری
- ارتقاء روش های مدیریت صید وصیادی، حفاظت از ذخایر ژنتیکی 
- ارتقاء روش های مدیریت عمل آوری و فرآوری محصولات شیلاتی، تولید فرآورده های بیولوژیک

 موسسه تحقیقات فنی و مهندسی کشاورزی

- شناسایی، بهینه‌سازی و ایجاد فناوری‌های مناسب/پیشرفته مکانیزاسیون برای حوزه‌های محصولی-موضوعی
- گسترش جنبه های فنی و مهندسی گلخانه و  محیط های کنترل شده
- ایجاد و معرفی فناوری های هوشمندسازی کشاورزی
- بهینه سازی مصرف و کاهش مصارف غیر مفید آب کشاورزی با تکیه بر پایداری و ارتقای بهره وری 
- افزایش قابلیت ماندگاری محصولات کشاورزی و بهره گیری از زائدات حاصل از فرآوری آنها
- ارتقاء ارزش افزوده از طریق توسعه صنایع تبدیلی و تکمیلی بخش کشاورزی

موسسه تحقیقات دیم کشور

- مدیریت نظام های زراعی و افزایش بهره وری در دیمزارها
- ارتقای سازگاری به تغییرات اقلیمی با فناوری های جدید در عرصه دیم
- به نژادی محصولات زراعی دیم (معرفی رقم و تولید بذر هسته های اولیه)

 موسسه تحقیقات گیاه‌پزشکی کشور

- مدیریت عوامل خسارتزای زنده و ارتقاء سلامت محصولات کشاورزی
- بهینه سازی کاربرد آفت کش‌ها 
- بررسی تاثیر تغییرات اقلیمی بر عوامل خسارتزای گیاهی
- مطالعه تنوع زیستی در حوزه گیاه‌پزشکی  

 موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی

- تحقیق و توسعه در خصوص واکسنهای انسانی، طیوری، دامی و آبزیان 
- ارتقاء بهداشت و مدیریت بیماری های دامی
- ارتقاء بهداشت و مدیریت بیماری های طیور
- ارزیابی اثربخشی  و کارآیی واکسن های دامپزشکی
- تهیه بیو بانک غنی از بذر و سویه های در اختیار و  جمع آوری تمامی میکرو 
- ارگانیسم‌های پشتیبان تولید از مراجع معتبر داخلی و خارجی و کلکسیون میکروارگانیسم‌ها