عمده فعالیت‌ها و وظایف این دفتر شامل: دریافت سیاست‌ها و خط مشی‌های دولت و وزارت جهاد کشاورزی در زمینه برنامه و بودجه و تحلیل آن در رابطه با تحقیقات آموزش و ترویج و راهنمائی واحدها در این زمینه، بررسی برنامه های پیشنهادی از لحاظ مطابقت با خط مشی برنامه‌های توسعه کشاورزی، تلقیق و تنظیم برنامه‌های سازمان بر اساس پیشنهاد واحدهای تابعه و رعایت اولویت موارد برنامه در چارچوب سیاست‌های کلی و برنامه‌های وزارت متبوع؛ تنظیم طرح‌های عمرانی ملی پیشنهادی واحدهای تابعه، تنظیم بودجه فعالیت‌های سازمان در قالب برنامه‌های مربوطه؛ جمع‌بندی بودجه‌های پیشنهادی واحدهای تابعه و تهیه بودجه سازمان جهت ارسال به مراجع ذیربط و ... می‌باشد.