انستیتو تحقیقات بین المللی ماهیان خاویاری واقع در انزلی، دستاوردهای علمی کاربردی حاصل از پروژه های تحقیقاتی و فعالیت ها و برنامه های در دست اجرا از جمله همکاری با کنسرسیوم صنعت ماهیان خاویاری، زنده نگهداشتن ماهیان مولد دریایی، بانک ژن، استفاده از سیستم آب برگشتی و بهره وری حداکثری آب، تولید جیره غذایی با صرفه اقتصادی، استحصال خاویار بدون کشتن ماهی و هورمون های اختصاصی برای تکثیر، همچنین حمایت و پشتیبانی تخصصی و دانش محور از تولید ماهیان خاویاری و ایفای نقش در عرصه های بین المللی با توجه به جایگاه برند خاویار ایران در بازارهای جهانی و اهمیت حفاظت از گونه های در معرض خطر انقراض خاویاری ارائه کرده است. تلاش های محققین و بخش های اجرایی انستیتو در راستای احیای ذخایر ارزشمند تاس ماهیان دریای خزر و توسعه صنعت رو به رشد آبزی پروری ماهیان خاویاری در کشور بسیار مؤثر بوده است.

تاریخچه اهمیت شیلات در تأمین امنیت غذایی، ارزآوری، ایجاد اشتغال، جلوگیری از مهاجرت‌های روستایی و تثبیت جمعیت ساحل‌نشین بیانگر نیاز هر چه بیشتر به گسترش فعالیت‌های شیلاتی می‌باشد. این فعالیت‌ها هنگامی در راستای توسعه پایدار است که مبتنی بر نتایج پژوهش‌های علمی باشد. بر این اساس مرکز تحقیقات شیلاتی دریای عمان در سال 1361 فعالیت خود را در بندرعباس شروع کرد و با توسعه فعالیت‌ها و امکانات، در سال 1381 با مجوز وزارت علوم، تحقیقات و فنآوری به پژوهشکده اکولوژی خلیج فارس و دریای عمان ارتقاء یافت. ساختمان مرکزی پژوهشکده در فضایی به مساحت 4200 متر مربع در قسمت جنوبی اداره کل شیلات هرمزگان، مشرف به دریا واقع شده است و همچنین دارای دو ایستگاه تحقیقاتی در شهرستان‌های بندرلنگه و بندر جاسک می‌باشد. فعالیت‌های تحقیقاتی پژوهشکده در قالب گروه‌های اکولوژی دریا، بیولوژی دریا، ژنتیک آبزیان، تکثیر و پرورش آبزیان و فرآوری آبزیان دریایی، بهداشت و بیماری ها انجام می‌گرد.

پژوهشکده آبزی پروری آبهای داخلی بندر انزلی در سال 1297 به عنوان اولین مرکز تحقیقات در زمینه علوم شیلاتی کشور و همزمان با آغاز فعالیت « شرکت مختلط ماهی ایران و شوروی سابق » تاسیس گردید. در سال 1346 به « انستیتو بررسیهای علمی و صنعتی ماهی ایران » تغییر نام یافت. در سال های 1352 تا 1367 با گسترش پژوهش های شیلاتی این تشکیلات با نام « سازمان تحقیقاتی شیلات ایران » در قالب بخشهای تحقیقاتی ، لیمنولوژی ، بیولوژی ماهی ، میکروبیولوژی ، ایکتیولوژی و تکنولوژی صید وظایفش را استمرار بخشید. از سال 1367، با الحاق شرکت سهامی شیلات به وزارت جهاد سازندگی و تشکیل « سازمان تحقیقات و آموزش شیلات ایران »، این مرکز با عنوان مرکز تحقیقات شیلاتی استان گیلان و سپس در سال 1380 مرکز تحقیقات ماهیان استخوانی دریای خزر و از سال 1383 به نام پژوهشکده آبزی پروری آبهای داخلی به فعالیت خویش ادامه می دهد. این پژوهشکده از نظر تشکیلاتی دارای 4 گروه پژوهشی تخصصی شامل گروه تکثیر و پرورش ، گروه ژنتیک و اصلاح نژاد ، گروه اکولوژی آب های شیرین ، گروه بهداشت و بیماریهای آبزیان و همچنین 2 ایستگاه تحقیقاتی با نامهای ایستگاه تحقیقاتی تغذیه و غذای زنده آبزیان و ایستگاه تحقیقاتی تکثیر و پرورش آبزیان( فومن) می باشد.

پژوهشکده اکولوژی دریای خزر با نام مرکز تحقیقات شیلاتی استان مازندران  از اوایل سال 1366 تاسیس و از سال 1381 بر اساس موافقت قطعی وزارت علوم، تحقیقات و فن آوری به«پژوهشکده اکولوژی دریای خزر» ارتقاء یافته است. این پژوهشکده دارای 5 بخش تخصصی(شامل: بوم شناسی، تکثیر و پرورش آبزیان ، بیوتکنولوژی دریایی، بیولوژی و ارزیابی ذخایر، بهداشت و بیماریهای آبزیان) 22 آزمایشگاه، کتابخانه با بیش از 6000 جلد کتاب و گزارشات تخصصی، یک ایستگاه تحقیقاتی و یک فروند شناور تحقیقاتی (1100 تنی) می‌باشد. تاکنون بیش از 500 پروژه تحقیقاتی-کاربردی اجراء و بیش از 1100 مقاله علمی در سمینارها و نشریه های علمی ملی و بین‌المللی ارائه شده است. شایان ذکر است تعدادی از آزمایشگاهها دارای گواهینامه استاندارد ایزو 17025 و معتمد سـازمـان حفـاظت محیـط زیست می‌باشند. بیش از 70 درصد نیروی انسانی پژوهشکده در بخش تحقیقاتی و در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکترا مشغول فعالیت بوده و تعداد14 نفر نیز عضو هیئت علمی وزارت جهادکشاورزی می باشند.

این فعالیتها در قالب طرح تحقیقاتی منطقه‌ای ارزیابی ذخایر شیلاتی خلیج فارس با همکاری شش کشور حوزه خلیج فارس عربستان سعودی، کویت، عراق، قطر، بحرین و امارات متحده عربی و مشارکت سازمان خواربار و کشاورزی جهانی (فائو) انجام پذیرفت. پس از پایان طرح منطقه ای، از سال 1358 مرکز فعالیتهای تحقیقاتی خود را در خصوص میگو متمرکز نمود و با استفاده از اطلاعات حاصل از این ذخیره، محدودیت هایی جهت ممنوعیت صید در ماههای تخم ریزی برای حفاظت بهتر از این آبزی به مورد اجرا گذاشت.
در سالهای بعد پروژه هایی در خصوص امکان تکثیر و پرورش میگوی ببری سبز، ارزیابی ذخایر کفزیان، بیولوژی گونه های کفزی در معرض خطر، امکان صید گونه های سطح زی توسط تور ترال میان آبی و پرساین، تهیه سیستم آمار آبزیان، آلودگیهای آلی و معدنی، بررسی و شناسایی بیماریهای میگو، مولدسازی میگو، بالا بردن تولید لارو از هر مولد، بالا بردن توان تولید استخرهای پرورشی، پایش اثرات متقابل پساب ناشی از استخرهای پرورشی برمحیط زیست دریائی را اجرا نموده است. در حال حاضر این مرکز با نام پژوهشکده میگوی کشور فعالیت می نماید.

به‌منظور شناخت و بالفعل کردن استعدادهای شیلاتی گسترده استان خوزستان پژوهشکده آبزی‌پروری آب‌های جنوب کشور فعالیت خود را از سال ۱۳۶۷ و تنها با پنج نفر کارشناس آغاز نمود. اجرای نخستین پروژه تحقیقاتی مصوب مرکز در سال ۱۳۶۸ و با نام تکثیر مصنوعی ماهی بنی شروع گردید. در راستای سیاست‌های تحقیقاتی شیلات دامنه فعالیت‌های پژوهشکده به آب‌های ساحلی استان در خلیج‌فارس گسترش یافت و لذا در سال ۱۳۷۰ ایستگاه تحقیقاتی ماهیان دریایی بندر امام خمینی (ره) به این پژوهشکده پیوست. شورای گسترش آموزش عالی در جلسه ۲۰/۱۲/۱۳۹۶ با تبدیل موافقت اصولی به قطعی پژوهشکده آبزی‌پروری آب‌های جنوب کشور، با چهار گروه پژوهشی اصلاح نژاد و تکثیر و پرورش آبزیان، بهداشت و بیماری‌های آبزیان، زیست‌بوم‌شناسی و ارزیابی و بازسازی ذخایر آبزیان موافقت نمود. در حال حاضر پژوهشکده در زمینی به مساحت ۲۲ هکتار شامل: آزمایشگاه‌های مجهز دارای گواهینامه تأیید صلاحیت آزمایشگاه (ISIRI-ISO/IEC 17025) از مرکز ملی تأیید صلاحیت ایران، کتابخانه، سالن تکثیر و استخرهای تحقیقاتی ماهیان آب شیرین واقع شده است. در حال حاضر ۵۰ نفر به‌عنوان عضو هیئت‌علمی، محقق، کارشناس آزمایشگاه و کمک کارشناس و نیروی پشتیبانی در گروه‌های پژوهشی مشغول به فعالیت هستند و بیش از ۳۰۰ طرح و پروژه تحقیقاتی، ۱۰۰ پایان‌نامه دانشجویی و یک پروژه بین‌المللی با کشور کویت را اجرا نموده‌اند.

مرکز تحقیقات ذخایر آبزیان آبهای داخلی-گرگان در راستای توسعه صنعت شیلات و توجه به ظرفیت‌های نوین، اقدامات ارزشمندی در زمینه پرورش و توسعه ماهیان زینتی انجام داده است. این فعالیت‌ها شامل پژوهش‌های علمی جهت بهبود کیفیت و تنوع گونه‌های ماهی زینتی، ارتقای روش‌های پرورش و تکثیر، و همچنین ارائه راهکارهای نوین برای افزایش بازدهی اقتصادی این بخش بوده است. علاوه بر آن، این مرکز با فراهم‌سازی زیرساخت‌های مناسب و همکاری با بخش خصوصی، گام‌های مؤثری در جهت تجاری‌سازی و گسترش صادرات ماهیان زینتی برداشته است.

همچنین در راستای سند امنیت غذایی، مرکز موفق به انجام اقداماتی شده است که از آن جمله می‌توان به بررسی امکان استفاده از کنجاله پنبه دانه در جیره قزل آلای رنگین کمان و استفاده از مکمل های غذایی برای بهبود عملکرد جیره ها و استفاده از پودر شفیره کرم ابریشم و لارو سوسک زرد در جیره غذایی ماهی خاویاری جهت دسترسی به منابع پایداتر و بهبود عملکرد جیره های غذایی اشاره کرد. این اقدامات نقش مهمی در تأمین امنیت غذایی ایفا کرده است.

مرکز تحقیقات ماهیان سردآبی کشور در تاریخ 1384/07/07 با نام ایستگاه تحقیقات ماهیان سردآبی تأسیس شد و مورد بازدید کارشناسان شبکه مراکز آبزی‌پروری آسیا- اقیانوسیه (NACA) قرار گرفت و در آذر ماه سال 1385 رسماً به‌عنوان مرکز راهبری منطقه ­ای شبکه مراکز آبزی‌پروری آسیا-اقیانوسیه (NACA) انتخاب و معرفی گردید و از سال 1386 به مرکز تحقیقات ماهیان سردآبی کشور تغییر نام یافت و فعالیت­ های تحقیقاتی خود را با تأکید بر گونه در حال انقراض و استراتژیک ماهی آزاد دریای خزر آغاز نمود. این مرکز در روستای پرده­سر دهستان دوهزار بخش کوهستان شهرستان تنکابن در مجاورت رودخانه چشمه‌کیله با در اختیار داشتن اقلیم مناسب جهت تکثیر و پرورش ماهیان سردآبی در زمینی به مساحت 20649 متر مربع واقع شده است و دارای سابقه فعالیت تحقیقاتی در زمینه ­های تکثیر و پرورش، بهداشت و بیماری­ها، فیزیولوژی تغذیه و تولید مثل، ژنتیک و اصلاح نژاد و اکولوژی ماهیان سردآبی می­ باشد.

مرکز تحقیقات شیلاتی آب‌های دور چابهار با بهره‌گیری از زیرساخت‌های پیشرفته و همکاری با جامعه صیادی و غواصان محلی، پژوهش‌هایی در سه محور اصلی توسعه و مدیریت آبزی‌پروری، مدیریت پایدار صید و حفاظت از ذخایر ژنتیکی و ارتقاء فرآوری و تولید محصولات با ارزش انجام داده و گامهایی در مسیر ارتقاء به پژوهشکده شیلات مکران و اتصال موزه به شبکه جهانی موزه‌های تخصصی برداشته است.

این مرکز دارای پنج آزمایشگاه کددار عضو شبکه آزمایشگاهی راهبردی ریاست جمهوری، واحد تولید نشاء جلبک‌های دریایی و واحد تحقیقات آبزی‌پروری دریایی است که از این میان آزمایشگاه فیزیک و شیمی آب، علاوه ‌بر ارتقاء به سطح توانمند، از سوی محیط زیست استان معتبرسازی شده و خدمات آن به صنایع و نهادهای دولتی ارائه می‌شود.

موزه آبزیان مرکز، شامل نمونه‌های ماهیان، سخت‌پوستان، نرمتنان، خارپوستان، لاک‌پشت‌های دریایی، مرجان‌ها و جلبک‌های دریایی است که به عنوان مثال نمونه‌های تاریخی و نادر مانند اره‌ ماهی و گونه‌های اقتصادی ماهیان تجاری است و علاوه ‌بر نمایش، بانک اطلاعاتی شیلاتی محسوب می‌شود. مستندسازی تغییرات اندازه و پراکنش گونه‌ها، به ویژه کاهش اندازه میگو، نشان‌دهنده تأثیر فشار صید و تغییرات اقلیمی بر اکوسیستم دریای عمان است.

مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح‌نژاد ماهیان سردابی شهید مطهری واقع  شهر یاسوج، استان کهگیلویه و بویراحمد و در سال 1364 تاسیس شده است. بر اساس تحلیلهای انجام شده این مرکز تاکنون 17 مقاله علمی در نشریات و همایشهای داخلی منتشر نموده است. علاوه بر این تاکنون 6 مقاله معتبر بین المللی نیز از این مرکز استخراج شده است. اطلاعات و آمار دقیقتر از مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح‌نژاد ماهیان سردابی شهید مطهری را می توانید در زیر مشاهده نمایید.در سال 1404 پژوهشگران مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح‌نژاد ماهیان سردابی شهید مطهری بیشترین مقالات خود را با کلیدواژه های «قزل الای رنگین کمان» و «تولیدمثل» منتشر نموده اند.

مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح‌نژاد ماهیان سردابی شهید مطهری تاکنون 17 مقاله در همایشها و نشریات داخلی منتشر نموده است. که از این تعداد 7 مقاله ژورنالی و 10 مقاله کنفرانسی می باشد.

مرکز تحقیقات ژنتیک و اصلاح نژاد ماهیان سردابی شهید مطهری یاسوج واقع در روستای تنگاری دشت روم از سال ۱۳۶۸ تاکنون نقش مهمی در تامین تخم و بچه ماهی کشور و بویژه استان کهگیلویه و بویراحد داشته و بر اساس آمار موجود در این مرکز تخم‌های تولیدی این مرکز در ۱۴ استان کشور استفاده شده است.

مرکز تحقیقات آرتمیای کشور در سال 1379 به منظور ارزیابی ذخایر آرتمیای دریاچه ارومیه ، دستیابی به روشهای اصولی صید و بهره برداری، فرآوری و بسته بندی انواع محصولات آرتمیا ، توسعه صنعت نوپای آبزی پروری در استان و اجرای طرح های پژوهشی کاربردی در زمینه آرتمیا در منطقه مجوز لازم برای فعالیت مرکز ملی تحقیقات آرتمیای کشور را توسط مراجع قانونی اخذ و عضوی از 11 مرکز و پژوهشکده موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور شد. این مرکز ضمن انجام تحقیقات کاربردی همکاری تنگاتنگی با مرکز رفرنس جهانی آرتمیا در دانشگاه گنت بلژیک داشته ،  بطوریکه در سال 1387 پس از بازدید های کارشناسان سازمان خواربار جهانی (FAO) به عنوان مرکز مرجع آرتمیا در منطقه میانی و غرب آسیا بر اساس برنامه UTF پیشنهاد گردید. در حال حاضر با توجه به نیاز منطقه ، توان علمی و تجهیزاتی  این مرکز علاوه بر پژوهش های مرتبط با آرتمیا ، در زمینه های تحقیقات کاربردی شیلاتی در آبهای داخلی وآبزی پروری منطقه شمال غرب کشور نیز فعالیت می کند. این مرکز دارای سه بخش تخصصی شامل تکثیر و پرورش ، فن آوری زیستی و فرآوری آرتمیا و ارزیابی ذخایر و بوم شناسی با پنج واحد آزمایشگاهی و یک آزمایشگاه معتمد محیط زیست، دو سالن فرآوری تخصصی آرتمیا و 9 واحد استخر پرورش آرتمیا در قالب بانک ژن زنده آرتمیا اورمیانا می باشد.

استان یزد تنها حدود چهار و نیم درصد از مساحت کشور را تشکیل می‌دهد و علی رغم اینکه در مرکز ایران قرار دارد و با آب و هوایی خشک و میزان بارندگی اندک شناخته می شود، بخاطر وجود منابع آب های زیر زمینی غیر قابل شرب متعدد از اهمیت شیلاتی بخصوصی برخوردار می باشد (حدود 2500 حلقه چاه کشاورزی). علاوه بر منابع آب های زیر زمینی، در این استان چندین رودخانه دائمی و فصلی جریان دارد که موجب افزایش اهمیت این استان از نظر صنعت آبزی پروری شده است.
در حال حاضر این مرکز  34 طرح تحقیقاتی و 5 پروژه دانشجویی را اجرا نموده و 4 پروژه در دست اجرا دارد که برون داد آن ارائه بیش از 150 مقاله علمی در سمینارها و نشریه های علمی ملی و بین‌المللی و چاپ 12 کتاب بوده است.
این مرکز از نظر تشکیلاتی دارای 3 گروه پژوهشی تخصصی شامل گروه بوم شناسی، گروه تکثیر و پرورش و گروه تغذیه آبزیان و 3 باب آزمایشگاه تخصصی (بوم شناسی، تغذیه و زیست فناوری)، یک باب کتابخانه با بیش از 4500 جلد کتاب و گزارشات تخصصی می باشد.

در چارچوب موافقتنامه‌ای که در سال 1372 با هدف تولید و بهره برداری بهینه از آبزیان (بخصوص کیلکا ماهیان) بین شیلات ایران و برنامه عمران سازمان ملل متحد (UNDP) به امضاء رسید، این مرکز در سال 1380 با محوریت تولید و مصرف فرآورده های خمیری ماهی به بهره برداری رسید.
 با توجه به وجود پتانسیل‌های تحقیقاتی مناسب، این مرکز در سال 1383 با هدف انجام تحقیقات تخصصی در زمینه فرآوری، حفظ کیفیت، تولید محصولات بارزش افزوده و تکمیل زنجیره ارزش، به موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور ملحق گردید و از همان زمان با عنوان مرکز ملی تحقیقات فرآوری آبزیان تحت نظارت و مدیریت موسسه، نتایج حاصل از تحقیقات فرآوری آبزیان در کشور را جهت استفاده به بخش های اجرا و خصوصی ارائه نموده است.

بر اساس سیاست های مرکز کارآفرینی و نوآوری صنایع غذایی شیلات و آبزیان با هدف حمایت از ایده های نوآورانه مبتنی بر دانش برای ایجاد کسب و کارهای دانش بنیان، اقدام به تاسیس نخستین مرکز کارآفرینی و نوآوری تخصصی شیلاتی نموده است. پیش بینی شده است که این مرکز با بهره مندی از توانمندی های کارشناسی، آزمایشگاهی و پایلوت مجهز فرآوری آبزیان، ایده های نوآورانه با قابلیت تجاری سازی در محورهای فرآورده های نوین باارزش افزوده بالا از منابع شیلاتی، ماشین آلات و فرآیندهای تولید، بسته بندی، نگهداری و حمل و نقل فرآورده های شیلاتی، و تبلیغات، بازاریابی و فروش محصولات شیلاتی در بازارهای داخلی و بین المللی را پذیرش نموده و مورد حمایت قرار خواهد دهد.